Quando você executa o comando crop numa action ele se comporta de forma diferente do botão crop.
Ao clicar no botão crop você pode definir a área a ser utilizada. Quando você determina um tamanho fixo para o crop acontece o mesmo.
A área a ser "cropada" pode ser facilmente redimensionada.
Mas quando você utiliza o crop dentro de uma action, com um tamanho específico de saída, o retângulo de seleção de área se comporta de forma diferente, podendo ficar muito pequeno ou muito grande.
Eu acreditava que isso acontecia devido ao tamanho da imagem. Imagens menores fazem o retângulo ficar maior e imagens maiores fazem o retângulo ficar menor, mas não é apenas isso.
Além da resolução da imagem, o Photoshop também utiliza o dpi (uma configuração que só faz diferença na impressão) ao calcular o tamanho do retângulo de seleção do crop.
Isso quer dizer que se você criar uma action, que tenha o comando crop, e executar essa action em duas imagens de mesmo tamanho, o retângulo de seleção aparecerá com tamanhos diferentes conforme o dpi das duas.